بررسی ژنوم ارقام سیب با استفاده از مارکرها در سطح مولكول DNA

بررسی ژنوم ارقام سیب با استفاده از مارکرها در سطح مولكول DNA

ژنوم ارقام سیب
روابط ژنتیکی ارقام و پایه های سیب
بررسی تنوع ژنتیکی سیب
تنوع ژنتیکی سیب با نشانگر SSR
شناسایی مولکولی ارقام و پایه های سیب توسط نشانگر SSR
ارزیابی روابط ژنتیکی تنوع انواع سیب به کمک مارکر SSR
بررسی ژنوم ارقام سیب
بررسی ژنوم ارقام سیب با استفاده از مارکرها

رفتن به سایت اصلی

دانلود پایان نامه رشته کشاورزی

بررسی ژنوم ارقام سیب با استفاده از مارکرها در سطح مولكول DNA

 

 

 

چکیده:

ثبت و شناسایی ارقام و پایه های گیاهی و تعیین رابطه ژنتیکی بین آنها مستلزم دسترسی به روشهای دقیق و قابل تکراری که از شرایط محیطی متأثر نباشد، می باشد. روشهای سنتی تعیین هویت بر اساس مشاهده ظاهری درخت و میوه است.  با توجه به اینکه بسیاری از خصوصیات ظاهری تحت تأثیر عوامل محیطی قرار می گیرند، این روش قابل اعتماد نیست.با استفاده از نشانگرها در سطح ملکول DNA می توان اطلاعات دقیقی از ژنوم گیاهان بدست آورد.از جمله نشانگرهای معتبر در بررسی ژنوم سیب، نشانگر SSR است که بدلیل تکرارپذیری بالا، ایجاد الگوی باندی نسبتاً ساده و توارث همبارز در بررسی تنوع ژنتیکی و شناسه دار کردن ارقام و  پایه های سیب کارایی بالایی دارد.

 

در بررسی حاضر از 5 جفت نشانگر پلی مورفیک SSR بر روی 24 رقم و پایه سیب بمنظور تهیه شناسنامه ژنتیکی برای بعضی از ارقام و پایه ها و همچنین تعیین رابطه ژنتیکی بین آنها استفاده شد. نمونه های برگی از کلکسیون سیب جمع آوری و DNA آنها استخراج شدند و سپس با استفاده از نشانگرهای اختصاصی SSR مورد تکثیر قرار گرفتند.  پس از الکتروفورز عمودی در دستگاه توالی یاب  DNA در ژل پلی آکریل آمید و رنگ آمیزی نیترات نقره در مجموع 52 آلل پلی مورفیک در 5 لوکوس ریزماهوار ( میانگین 4/10 در هر لوکوس) شناسایی شدند.

تجزیه کلاستر بطور جداگانه برای ارقام و پایه ها بر اساس حضور و عدم حضور باند با استفاده از برنامه NTSYS و ضریب تشابه Dice  مبتنی بر UPGMA انجام گرفت.  دندوگرام حاصل از ارقام نشان داد که ارقام مورد بررسی تنوع زیادی داشتند و در 6 کلاستر جای گرفتند و سیبهای گلاب مورد بررسی توسط این 5 جفت نشانگر از هم تفکیک شدند.  در دندوگرام پایه ها شباهت دو پایه MM111و  MM106 مشاهده گردید.با استفاده از 3 آغازگر (CH01H01,02B1,CH02B10) باندهای اختصاصی در ارقام (24 رقم) مشاهده شد. همچنین اگوی نواربندی اختصاصی برای بعضی از ارقام در هر آغازگر بدست آمد.  در نهایت این 5 آغازگر توانستند آللهای اختصاصی مربوط به پایه ها را تعیین کنند.

 

 

 

 

کلمات کلیدی:

مارکر SSR

شناسایی مولکولی

ارقام و پایه های سیب

 

 

 

 

 

مقدمه   

مهمترین درختان میوه ای که در مناطق معتدله و سردسیری به صورت اهلی درآمده‌اند در خانواده گلسرخیان  قرار دارند مانند سیب، گلابی، آلوچه، گیلاس و….. .  سیب از نظر اقتصادی بیشترین اهمیت را در بین محصولات درختی مناطق معتدله و سردسیری دارد و تعداد زیادی از ارقام تجاری آن به دلیل گرده‌افشانی باز، تلاقی‌های كنترل شده و یا تلقیح موتاسیون سوماتیكی با ارقام سازگار، قابل استفاده در برنامه‌های اصلاحی اند. یك مشكل قابل توجه در صنعت سیب و فراورده های آن تعیین هویت ارقام آن می‌باشد. روشهای سنتی تعیین هویت بر اساس مشاهده ظاهری درخت ومیوه است. با توجه به اینكه بسیاری از خصوصیات ظاهری تحت تأثیر عوامل محیطی قرار  می گیرند، این روش، قابل اعتماد نیست. روش دیگر برای تعیین هویت ارقام استفاده از نشانگر می باشد. استفاده از نشانگرها در سطح مولكول DNA  دقیق ترین روش بررسی است که جزئیات بیشتری از ژنوم ارقام سیب را ارائه می‌دهد. ازجمله نشانگرهای معتبردر بررسی ژنوم سیب، نشانگر  SSRاست که به دلیل قابلیت تکرارپذیری بالا، ایجاد الگوی باندی نسبتاً ساده و توارث هم بارز، در بررسی تنوع ژنتیکی و شناسه دار کردن ارقام سیب کارایی بالایی دارد. در این تحقیق با استفاده از نشانگرهای منتخب SSR تنوع ژنتیکی 29 رقم و پایه سیب و امکان دستیابی به نوارهای اختصاصی DNA در هر یک از ارقام و پایه ها مورد بررسی قرار گرفت.

 

 

 

 

فهرست مطالب

چکیده: 1

مقدمه 2

 

فصل اول:بررسی منابع و کلیات 3

1-1- تاریخچه و گسترش سیب در جهان 4

2-1- درخت سیب و خواص بتانیكی آن 5

3-1- فرآورده‌های سیب 6

4-1- خواص دارویی سیب 6

5-1- ارزش غذایی سیب 7

6-1- پایه‌های سیب 8

1-6-1-پایه‌های بذری 8

2-6-1- پایه‌های رویشی(غیر بذری) 9

1-2-6-1-پایه‌های مالینگ 9

2-2-6-1- پایه های مالینگ مرتون 10

3-2-6-1-پایه های بوداگوسکی 11

7-1- زیست شناسی مولكولی 11

1-7-1- نشانگر 11

2-7-1- هدف از كاربرد نشانگر 11

3-7-1- انواع نشانگرهای ژنتیكی 12

1-3-7-1- نشانگرهای ریخت‌شناسی (مورفولوژیكی) 12

2-3-7-1- نشانگرهای سیتوژنتیكی 12

3-3-7-1- نشانگرهای ملکولی در سطح پروتئین 12

4-3-7-1- نشانگرهای مولكولی در سطح  DNA 13

5-3-7-1- انواع نشانگرهای DNA 14

الف) نشانگرهای DNA غیر مبتنی بر PCR

– تفاوت طول قطعات حاصل از هضم (RFLP)  14

–  تعداد متفاوت ردیف‌های تكراری و ماهوارك‌ها (VNTR   & Minisatellites)  15

–  پویش ژنومی نشانه‌های هضم (RLGS)  15

ب) نشانگرهای DNA مبتنی بر PCR 15

4-7-1- ردیف‌های تكراری 17

1-4-7-1- ماهواره‌ها 18

2-4-7-1- ماهوارك‌ها 18

3-4-7-1- ریز ماهواره‌ها (میكروستلایت‌ها یا SSR) 19

5-7-1- چگونگی ایجاد میكروستلایت‌ها 20

6-7-1- خصوصیات نشانگرهای SSR 20

7-7-1- كاربردهای نشانگرهای SSR 21

8-7-1- مزایای ریز ماهواره ها 21

9-7-1- معایب ریز ماهواره‌ها 22

10-7-1- اساس چند شكلی در جایگاههای ریزماهواره 23

1-10-7-1-  مدل کراسینگ اور نا متقارن (UCO)  23

2-10-7-1- مدل سر خوردن پلیمراز هنگام همانند سازی(SSM) 24

8-1- واكنش زنجیره ای پلیمراز 24

1-8-1- اجزای واکنش PCR 24

1-1-8-1- آنزیم 24

2-1-8-1-مخلوط ذروكسی نوكلئوتید تری فسفات ( dNTPs ) 25

3-1-8-1-  DNA الگو 25

4-1-8-1-  آغازگرها 25

5-1-8-1- بافرها و كلرید منیزیوم 26

2-8-1- عوامل مؤثر براختصاصی بودن واكنش PCR 26

1-2-8-1- غلظت مخلوط  PCR 26

2-2-8-1- دما 27

3-2-8-1- تعداد و طول سیكل 27

4-2-8-1- افزاینده های PCR 27

3-8-1- (TD-PCR) Touch Down PCR 27

4-8-1- PCR  آشیانه ای 28

9-1- الكتروفورز ژل آگارز 28

10-1- الكترفورز ژل پلی آكریل آمید 29

11-1- مروری بر تحقیقات انجام شده توسط نشانگر SSR 29

 

فصل دوم مواد و روشها 31

1-2- مواد گیاهی 32

2-2- استخراج DNA 36

1-2-2- استخراجDNA به روش دلاپورتا 36

2-2-2- استخراج DNA به روش  CTAB 37

3-2- تعیین کیفیت نمونه های DNA 38

4-2- تعیین کمیت نمونه های DNA 39

5-2- PCR 39

1-5-2- اجزای واکنش  زنجیره‌ای پلیمراز 39

1-1-5-2- آغازگرها 39

2-1-5-2- آنزیم Taq DNA polymerase 40

3-1-5-2- بافر PCR 41

4-1-5-2- کلرید منیزیوم 41

5-1-5-2- dNTP 41

2-5-2- بهینه سازی واکنش زنجیره‌ای پلیمراز 42

6-2- الكتروفورز فراورده های PCR 43

1-6-2- الكتروفورز افقی در ژل آگارز 43

2-6-2- الكتروفورز عمودی در ژل پلی آکریل آمید 43

1-2-6-2- تیمار شیشه‌ها 44

2-2-6-2- تزریق ژل 44

3-2-6-2- گرم نمودن ژل 45

4-2-6-2- واسرشته سازی محصولات PCR 45

3-6-2 رنگ آمیزی ژل 46

7-2- تجزیه و تحلیل داده ها 47

1-7-2- امتیازدهی باندها 47

2-7-2- تجزیه خوشه ای 48

3-7-2-تعیین اندازه باندها و الگوی نواربندی اختصاصی 48

 

فصل سوم نتیجه گیری و بحث 49

1-3- نتایج استخراج DNA 50

2-3- بهینه سازی دمای اتصال آغازگرها 52

3-3- بهینه سازی روش PCR 52

4-3- بررسی نهایی نتایج حاصل از PCR 52

5-3- بررسی چند شکلی های SSR 54

6-3- بررسی و تحلیل روابط خویشاوندی بین ارقام 57

7-3- تعیین شناسنامه ژنتیکی برای ارقام 60

7-3- تعیین شناسنامه ژنتیکی برای ارقام 61

1-7-3- تعیین آللهای اختصاصی 61

2-7-3- الگوی نواربندی اختصاصی در ارقام 61

8-3- بررسی میزان خویشاوندی بین پایه ها 64

9-3- تعیین شناسنامه ژنتیکی برای پایه ها 65

1-9-3- تعیین آللهای اختصاصی 65

 

فصل چهارم:نتیجه گیری کلی و پیشنهادات 75

نتیجه گیری کلی 80

پیشنهادات 84

ضمائم 87

منابع و مآخذ: 90

 

 

پاورپوینت بررسی انواع سقف های ساختمانی

پاورپوینت بررسی انواع سقف های ساختمانی پاورپوینت بررسی انواع سقف های ساختمانی بررسی انواع سقف های ساختمانی تحقیق انواع سقف های ساختمانی مقاله انواع سقف های ساختمانی سقف چوبی سقف طاق ضربی سقف تیرچه بتني و بلوک سقف تیرچه فلزي…

پاورپوینت بررسی انواع روش های پرداخت در تجارت بین الملل

پاورپوینت بررسی انواع روش های پرداخت در تجارت بین الملل کلمات کلیدی : پاورپوینت بررسی انواع روش های پرداخت در تجارت بین الملل تحقیق روش های پرداخت در تجارت بین الملل انواع روش های پرداخت در تجارت بین الملل مهم…

عوامل موثر در ایجاد روحیه کارآفرینی در سازمان ها و بررسی نظریه های آن

عوامل موثر در ایجاد روحیه کارآفرینی در سازمان ها و بررسی نظریه های آن پایان نامه کارآفرینی پایان نامه کارآفرینی سازمانی دانلود پایان نامه کارآفرینی پایان نامه در مورد کارآفرینی روحیه کارآفرینی سازمانی نظریه های کارآفرینی نظریه های کارآفرینی سازمانی…

پاورپوینت خلاصه کتاب مدیریت رفتار سازمانی تألیف دکتر زهرا برومند

پاورپوینت خلاصه کتاب مدیریت رفتار سازمانی تألیف دکتر زهرا برومند کلمات کلیدی : دانلود رایگان پاورپوینت خلاصه کتاب مدیریت رفتار سازمانی تألیف دکتر زهرا برومند پاورپوینت کتاب مدیریت رفتار سازمانی تألیف دکتر زهرا برومند پاورپوینت کتاب مدیریت رفتار سازمانی تألیف…

مبانی نظری و پیشینه تحقیق شبکه های عصبی مصنوعی 78 صفحه

مبانی نظری و پیشینه تحقیق شبکه های عصبی مصنوعی 78 صفحه کلمات کلیدی : فصل دوم پایان نامه شبکه های عصبی مصنوعی مبانی نظری شبکه های عصبی مصنوعی پیشینه تحقیق شبکه های عصبی مصنوعی پیشینه پژوهش شبکه های عصبی مصنوعی…

تحولات نقش زنان در سینمای ایران

تحولات نقش زنان در سینمای ایران تحولات سینمای ایران تحولات نقش زنان در سینمای ایران زنان ایرانی در سینماگری پس از انقلاب زن در سینما در دهه های چهل و پنجاه زن در سینما قبل از انقلاب شکل گیری سینما…

مبانی نظری و پیشینه تحقیق بازده غیرعادی سهام

مبانی نظری و پیشینه تحقیق بازده غیرعادی سهام کلمات کلیدی : فصل دوم پایان نامه بازده غیرعادی سهام مبانی نظری بازده غیرعادی سهام پیشینه تحقیق بازده غیرعادی سهام پیشینه داخلی بازده غیرعادی سهام پیشینه خارجی بازده غیرعادی سهام پیشینه پژوهش…

پرسشنامه کمرویی چیک و بریگز با نمره گذاری، روایی و پایایی

پرسشنامه کمرویی چیک و بریگز با نمره گذاری، روایی و پایایی کلمات کلیدی : پرسشنامه کمرویی پرسشنامه استاندارد کمرویی پرسشنامه کمرویی کودکان پرسشنامه کمرویی چیک و باس پرسشنامه کمرویی چیک و بریگز پرسشنامه کمرویی 14 سوالی پرسشنامه تجدید نظر شده…

ارزیابی ارتباط بین کیفیت زندگی کاری و فرسودگی شغلی کارمندان

ارزیابی ارتباط بین کیفیت زندگی کاری و فرسودگی شغلی کارمندان کلمات کلیدی : فرسودگی شغلی کارمندان فرسودگي شغلي در كاركنان فرسودگی شغلی کارکنان دانشگاه بررسی کیفیت زندگی کاری کارکنان کیفیت زندگی کاری کارکنان در دانشگاه رابطه بين کيفيت زندگي کاري…

مبانی نظری و پیشینه تحقیق تنش خشکی در گیاهان 87 صفحه

مبانی نظری و پیشینه تحقیق تنش خشکی در گیاهان 87 صفحه کلمات کلیدی : فصل دوم پایان نامه تنش خشکی در گیاهان مبانی نظری تنش خشکی در گیاهان پیشینه تحقیق تنش خشکی در گیاهان پیشینه داخلی تنش خشکی در گیاهان…

بررسی نارساییهای حسابداری صنعتی در شركت ملی پخش فرآورده‌های نفتی ایر

بررسی نارساییهای حسابداری صنعتی در شركت ملی پخش فرآورده‌های نفتی ایر بررسی نارساییهای حسابداری صنعتی شركت ملی پخش فرآورده‌های نفتی ایران پایان نامه كارشناسی ارشد رشته حسابداری هزینه یابی حسابداری صنعتی سیستم هزینه‌یابی بر مبنای فعالیت چسبندگی هزینه محركهای هزینه…

ماهیت تعلق سازمانی و بررسی ابعاد آن

ماهیت تعلق سازمانی و بررسی ابعاد آن کلمات کلیدی : تعلق سازمانی چیست؟ تعلق سازمانی کارکنان تعریف تعلق سازمانی ابعاد تعلق سازمانی تعلق خاطر سازمانی تعریف نظری تعلق سازمانی تعریف عملیاتی تعلق سازمانی تحقیق کامل در مورد تعلق سازمانی رفتن…

جایگاه نظم عمومی در نکاح در حقوق ایران

جایگاه نظم عمومی در نکاح در حقوق ایران جایگاه نظم عمومی در نکاح تحقیق در مورد نظم عمومی مقاله در مورد نظم عمومی مفهوم نظم عمومی در حقوق مفهوم نظم عمومی در حقوق بین الملل خصوصی نظم عمومی چیست نظم…

پرسشنامه عوامل موثر بر تمایل به خرید محصولات جعلی در یک کشور اسلامی

پرسشنامه عوامل موثر بر تمایل به خرید محصولات جعلی در یک کشور اسلامی پرسشنامه تمایل به خرید محصولات جعلی پرسشنامه خرید محصولات جعلی پرسشنامه تمایل به خرید محصولات جعلی پرسشنامه تمایل به خرید کالای تقلبی پرسشنامه خرید کالای تقلبی پرسشنامه…

مقاله تحقیقی در مورد حدیث ثقلین

مقاله تحقیقی در مورد حدیث ثقلین دانلود مقاله تحقیقی در مورد حدیث ثقلین تلازم قطعی قرآن و حدیث سیستم همکاری در فروش فایل همکاری در فروش فایل همکاری در فروش فروش فایل انجام پروژه و پایان نامه رشته فقه و…

مبانی نظری و پیشینه تحقیق استرس و نظریه های آن 28 صفحه

مبانی نظری و پیشینه تحقیق استرس و نظریه های آن 28 صفحه کلمات کلیدی : فصل دوم پایان نامه استرس و نظریه های آن مبانی نظری استرس و نظریه های آن پیشینه تحقیق استرس و نظریه های آن پیشینه داخلی…

جوشکاری با لیزر

جوشکاری با لیزر دانلود پایان نامه لیزر جوشکاری دانلود پایان نامه جوشکاری لیزری جوشکاری با لیزر دانلود پایان نامه جوشکاری با لیزر دانلود پایان نامه برق دانلود پایان نامه رشته برق رفتن به سایت اصلی دانلود پایان نامه مهندسی برق…

ابعاد و مدلهای اجرایی مدیریت ارتباط با مشتری در پیاده سازی موفق آن

ابعاد و مدلهای اجرایی مدیریت ارتباط با مشتری در پیاده سازی موفق آن ابعاد و مولفه های مدیریت ارتباط با مشتری عوامل کلیدی موفقیت در پیاده سازی CRM عوامل کلیدی موفقیت مدیریت ارتباط با مشتری عوامل موثر بر موفقیت مدیریت…

پاورپوینت تجزیه و تحلیل گرایشات هزینه (ویژه ارائه کلاسی درس حسابداری مدیریت )

پاورپوینت تجزیه و تحلیل گرایشات هزینه (ویژه ارائه کلاسی درس حسابداری مدیریت ) دانلود پاورپوینت تجزیه و تحلیل گرایشات هزینه پاورپوینت تجزیه و تحلیل گرایشات هزینه انواع هزینه ها از نظر گرایش تفكیك هزینه‌های مختلط به عوامل ثابت و متغیر…

اخلاق پژوهش در اسلام

اخلاق پژوهش در اسلام مقاله اخلاق در پژوهش اخلاق در پژوهش pdf کاربرد اخلاق در پژوهش چیست اخلاق پژوهشی چیست ملاحظات اخلاقی در انجام پژوهش اخلاق در پژوهش تاریخچه اخلاق در پژوهش اخلاق پژوهش در اسلام رفتن به سایت اصلی…

پرسشنامه ارزیابی عملکرد مالی و طبقه بندی شرکت ها

پرسشنامه ارزیابی عملکرد مالی و طبقه بندی شرکت ها پرسشنامه ارزیابی عملکرد مالی دانلود رایگان پرسشنامه عملکرد مالی پرسشنامه عملکرد مالی شرکت بیمه پرسشنامه عملکرد مالی شرکت پرسشنامه عملکرد مالی قرانفله و همکاران (2014) پرسشنامه عملکرد مالی سازمان دانلود پرسشنامه…

بررسی روانشناسی شخصیت و ارائه نظریه پنج عامل بزرگ شخصیت

بررسی روانشناسی شخصیت و ارائه نظریه پنج عامل بزرگ شخصیت کلمات کلیدی : نظریه شخصیت نظریه صفات شخصیت نظریه پنج عاملی شخصیت ابعاد شخصیت در روانشناسی نظریه صفاتی پنج عامل شخصیت نظریه 5 عامل بزرگ شخصیت تحقیق در مورد ویژگی…

طراحی سیستم هزینه یابی بر مبنای فعالیت برای محاسبه بهای تمام شده آموزش دانشجویان گروه پزشکی

طراحی سیستم هزینه یابی بر مبنای فعالیت برای محاسبه بهای تمام شده آموزش دانشجویان گروه پزشکی سیستمهای نوین هزینه یابی هزینه یابی بر مبنای فعالیت شناسایی دقیق هزینه ها و ارائه اطلاعات غیر مالی کاربرد هزینه یابی بر مبنای فعالیت…

مجازات بازدارنده در قانون مجازات اسلامی جدید سال 1392

مجازات بازدارنده در قانون مجازات اسلامی جدید سال 1392 مجازات بازدارنده و تعزیری مجازات بازدارنده در قانون جدید مجازات بازدارنده در قانون تفاوت مجازات بازدارنده و تعزیری قانون مجازات اسلامی بازدارنده قانون تعزیرات و مجازات بازدارنده تعزیرات و مجازات های…

پاورپوینت بررسی عضویت ایران در سازمان تجارت جهانی

پاورپوینت بررسی عضویت ایران در سازمان تجارت جهانی کلمات کلیدی : پاورپوینت بررسی عضویت ایران در سازمان تجارت جهانی تفاوت گات با WTO مهم ترین اهداف WTO الزامات عضویت در WTO گزارش جامع تجاری ضرورت پیوستن به سازمان تجارت جهانی…

پاسخی بگذارید

نشانی ایمیل شما منتشر نخواهد شد. بخش‌های موردنیاز علامت‌گذاری شده‌اند *